Die Besucher des Museums können innen zwei Dauerausstellungen und außen die Repliken von acht Mikultschitzer Kirchen und eines Fürstenpalastes. Die ältere Dauerausstellung „Das großmährische Mikulčice (Mikultschitz) – Fürstenburg in der Talaue des Flusses March“ wurde im Besucherzentrum (Pavillon I) im Jahr 1997 geöffnet. Die Ausstellung präsentiert Mikulčice als slawischer und großmährischer Sitz mit reicher Geschichte und mit hoher Aussagekraft seiner archäologischen Funde.